Le testimonianze archeologiche del territorio ci informano che abitanti delle nostre zone chiamati Liguri nei periodi del neolitico e eneolitico (circa cinquemila anni fa) si stabilirono con insediamenti palafitticoli sulle sponde del lago e da li risalirono sulle alture dedicandosi prevalentemente all'agricoltura. Nel X secolo a.C. gli Etruschi, risaliti fino alla Valle Padana, certamente portarono le loro conoscenze nella lavorazione del bronzo anche in queste zone. Da Nord, lungo la valle del Reno, la civiltà dei Galli o Celti scese verso il IV- V secolo a.C. occupando la regione che prese il nome di Insùbria. I Celti diedero origine al nome Kunmaer. A detta del Grammatica, il villaggio era un centro regio posto sulla direttrice della grande via gallica Ponte Tresa- Laveno.

I Galli combatterono lungamente contro i Romani finchè vennero definitivamente sconfitti a Como nel 194 a.C. Dai vincitori la Gallia Transpadana venne aggiogata nell'anno 42 a.C. con il nome di Undecima Regione. Comerio si trovò a dipendere amministrativamente dal municipio di Como e militarmente dai presidi di Biandronno e Laveno. A tutt'oggi sul territorio comunale non sono stati rinvenuti oggetti appartenenti a quest'epoca, mentre a poca distanza, nel territorio di Oltrona venne alla luce nel 1878 una necropoli dell'era pagana.

Il  Cristianesimo giunge in Italia e quindi a Milano - allora centro di governo del settentrione della penisola - portato dai funzionari e soldati dell'impero.
San Celso, venerato a Comerio, viene ricordato insieme al compagno di martirio Nazario, entrambi giustiziati a Milano durante la persecuzione dell'imperatore Nerone nell'anno 68. Intorno al III secolo questa città è una metropoli amministrata religiosamente da un vescovo che decentra il proprio governo con la creazione di chiese plebane o pievane.

Per la nostra zona il primo esempio di questo sistema amministrativo è Brebbia dove nel 387 sopra il tempio pagano dedicato a Minerva viene edificata una chiesa plebana che esercitava il controllo su diversi centri del territorio tra i quali Comerio. in questi anni già esiste una ecclesia dedicata ai SS. Ippolito e Cassiano dove celebra il rito eucaristico un sacerdote eletto tra i presbiteri della pieve di Brebbia che si occupa anche dei battesimi e della catechesi.

Con la caduta dell'impero romano d'occidente nel 476 e le invasioni barbariche muta decisamente anche il tessuto amministrativo e ci si avvia, verso l'anno Mille, al periodo dei Comuni. Testimonianze storiche di questi anni le ritroviamo in un atto notarile del 769 dove tale Grato, diacono, fa dono ad una mensa dei poveri di Monza, di una casa sita in Gummeri. Negli anni 861 872 e 855 viene menzionato come testimone Alboni de Gomèri per atti inerenti a terreni legati al monastero di S. Ambrogio di Milano.

Più numerose le tracce nei secoli XI e XII dove ritroviamo degli in strumenti in cui si menziona il territorio di Gomero (1146) e Comero (1172) e anche atti rogati (1180 e segg.) dal notaio Guidone ser Pingerum de Comero. Questo è il tempo in cui viene edificato il complesso monastico di San Celso con la chiesa che tuttora vediamo. L'anno 1152 ci racconta di una controversia sorta tra l'arciprete di Brebbia e l'abate di San Celso e nel 1266 sappiamo che la Domina Caracossa de Cornero era monaca benedettina nel monastero di Luvinate. Da documenti degli anni 1204 e 1251 si può dedurre che è di questo periodo l'elevazione di Cornéro a Comune Rustico atto a normare l'utilizzo dei terreni tra gli abitanti del paese.

Dal 1550, anno del catasto di Carlo V, possediamo notizie storiche più ampie e circostanziate che permettono di ricostruire l'estensione, il numero di famiglie, le proprietà e le attività del paese. Il 6 ottobre 1574 san Carlo Borromeo assegna un curato permanente al paese al quale fanno riferimento per decenni i centri di Oltrona e Voltorre. Da questo momento, pur mantenendo le caratteristiche del comune rustico, Comerio assume una identità più marcata che conserva attraversando l'amministrazione degli Sforza prima e successivamente dell'imperatore Carlo V e dei re di Spagna (fino al primo decennio del 1700) con le incursioni dei loro eserciti che inevitabilmente portavano saccheggi, devastazioni e epidemie.

A inizio del 1700 l'avvocato Benedetto Tatti edifica la propria villa in Comerio dando origine a una edilizia prestigiosa che vedrà diversi altri esempi soprattutto dall'inizio del XIX secolo.

Con il trattato di Rastadt del 1714 i territori del Ducato di Milano passano all'Austria nelle mani di Carlo VI che lascerà in eredità l'impero alla sua unica figlia Maria Teresa che saprà amministrare con importanti riforme amministrative e giuridiche.

E' nel corso del periodo napoleonico (1796-1814) che il Comune assume una struttura amministrativa che fonda in sostanza le basi di quella contemporanea; così come a partire dal 1815 ha inizio una vera e propria alfabetizzazione affidata prevalentemente ai sacerdoti retribuiti dal governo austriaco. Sotto la spinta dei decreti teresiani e napoleonici e di un impulso generale verso la modernità, in quegli anni si provvede alla costruzione del camposanto, alla rettifica della Strada postale e alla costruzione di un acquedotto sotterraneo. Con ogni probabilità per evitare la confisca dei patrimoni di proprietà degli ordini religiosi volute da Maria Teresa (1769), da Giuseppe II (1781) e dalla Repubblica Cisalpina (1798), la proprietà immobiliare determina la perdita del complesso abbaziale nelle sue forme originarie smembrandone di fatto gli spazi con la cessione a singoli esponenti del clero.